巧囊也就是卵巢巧克力囊肿，其和卵巢囊肿的主要差异是临床表现不同，卵巢巧克力囊肿常有痛经、月经异常等表现，但卵巢囊肿并不一定有上述症状。
卵巢囊肿是在卵巢内部或者外表面形成的液性囊状结构，有生理性和病理性两种。巧克力囊肿是病理性卵巢囊肿的一种，主要是因为子宫内膜异位到卵巢内生长而形成，所以也被称为卵巢子宫内膜异位性囊肿。
两者的差异主要是在临床表现上，卵巢囊肿一般无明显而典型的临床症状，常在体检时发现，只有出现囊肿破裂、蒂扭转等特殊情况时才会因剧烈的腹痛就医；而巧克力囊肿最典型的临床表现就是痛经、月经异常，还可能合并不孕。
